18 мая 1869 г. примерно в 600 шагах к северо-востоку от Кафедрального собора был заложен фундамент здания Геворкянской духовной академии. Святейший Патриарх Геворг IV Керестечян своими руками заложил первый камень.
На церемонии закладки будущего здания академии присутствовал плодовитый писатель и педагог Газарос Агаян, свидетельствовавший: «Накануне 25 мая мы присутствовали на счастливых торжествах, одной из причин которых была вторая годовщина со дня интронизации Его Святейшества, а другой – освящение фундамента для строительства училища» («Арарат», Вагаршапат, 1869 г.).
В 1869–1874 гг., с одной стороны, шло строительство здания, с другой – велись переговоры с царским правительством об открытии учебного заведения. 28 сентября 1874 г. открытие Чемарана было отмечено великолепным торжеством. Спустя несколько дней, 5 октября, чиновник Госкомитета Кавказа Гулькович пригласил к себе архимандрита Ваана Бастамянца и сообщил Его Высокопреподобию, что утвержденный императором устав академии получен, и ее можно открыть. Духовная академия начала свою деятельность с преодоления значительных трудностей.
В скорбный и трагический период Геноцида армян окрестности Эчмиадзина заполнились великим множеством эмигрантов. Католикос Всех Армян Геворг V и ректор Геворкянской академии епископ Гарегин Овсепян, принимая во внимание трагическое положение армянского народа в те дни, были вынуждены с декабря 1917 г. временно закрыть двери Чемарана – в надежде вновь открыть их в следующем году.
Уже с 1921 г. делаются попытки заново открыть Духовную академию. Шаги в этом направлении были предприняты католикосом Геворгом V Суренянцом (1911–1930 гг.), католикосом Хореном I Мурадбекяном (1932–1938 гг.) и архиепископом Гарегином Овсепяном. В конечном итоге эта мечта стала реальностью благодаря настойчивой и последовательной деятельности католикоса Геворга VI Чорекчяна (1941–1954 гг.).
29 июня 1928 г. католикос Геворг V Суренянц обратился к председателю Совета Народного комиссариата Сааку Тер-Габриэляну с просьбой об открытии академии. Под Чемаран было выделено здание, но правительство, якобы на время, вновь забрало его обратно, мотивируя это тем, что здание необходимо использовать для других целей, и больше его не возвратило (Центральный государственный архив истории Республики Армения).
Впоследствии, когда архиепископ Хорен Мурадбекян был избран католикосом (1932–1938 гг.), одним из первых его шагов стала попытка открытия Духовной академии. В своей первой энциклике (кондаке) от 20 февраля 1933 г. он обратился к вопросу возобновления работы академии, желая «...в это новое время, в пределах благоразумия и осторожности, улучшить тяжелое материальное положение Первопрестола для соблюдения и продолжения монашеского обета и воспитания юношей в служении Церкви, и для живой проповеди Слова Жизни в высшей духовной школе, которая ныне закрыта вследствие великой войны и материальных трудностей».
Еще до своего избрания католикосом (в 1945 г.) Его Святейшество Геворг VI Чорекчян в своих официальных письмах неоднократно подчеркивал необходимость открытия Духовной академии и представлял свои планы Национально-Церковному Собору: «Св. Эчмиадзин, как духовный центр всего армянства, должен иметь достаточное число безбрачного духовенства и священников. Учреждением, подготавливающим духовников, является Духовная академия Первопрестола, прекратившая свое существование с 1917 года, вследствие чего чувствуется большая потребность как в безбрачном духовенстве, так и в женатых священниках. Сегодня, ко всеобщему утешению, могу объявить, что одна из сложнейших задач решена и решена коренным образом и законным путем. Св. Эчмиадзину предоставлено право иметь Духовную академию. Благодаря заботливому и благожелательному отношению Советского правительства бывшая библиотека (матенадаран) передана нам под здание академии».
Здание библиотеки-матенадарана было построено в 1911 г. и предназначалось для хранения древнейших церковных рукописей. Здание должно было служить как хранилище и как научно-исследовательский центр. В советские годы по решению правительства рукописи Церкви были переданы Ереванскому государственному Матенадарану им. Месропа Маштоца, а матенадаран, ныне известный как старое здание Чемарана, в 1945–1997 гг. служил учебным корпусом Геворкянской духовной академии.
После провозглашения в 1991 г. независимости Армении и обретения самостоятельной государственности, Церкви было возвращено конфискованное советским государством здание бывшей Геворкянской духовной академии.
В 1996 г. по инициативе католикоса Гарегина I были проведены ускоренные работы по ремонту здания Чемарана. 18 сентября 1997 г. для Первопрестола стал днем великой радости: после капитального ремонта историческое здание Геворкянской духовной академии было сдано в эксплуатацию.
С 2002 г. при финансовой поддержке благотворителей г-на Геворга и г-жи Сирвард Овнанянов начались работы по капитальному ремонту.
В 2001 г. был введен в эксплуатацию спальный корпус (общежитие) Духовной академии.
С 2003–2004 учебного года были введены в эксплуатацию учебные аудитории.
В 2006–2007 гг. частично был отремонтирован спальный корпус академии.
В 2011 г. под торжественным предстоятельством Католикоса Всех Армян Гарегина II была освящена построенная во дворе академии церковь Свв. Архангелов («Хрештакапетац»). В том же году рядом с учебным корпусом Чемарана были открыты актовый и спортивный залы.