Первые епархиальные структуры в Армении возникли и сформировались на основе раннехристианских общин (приходов).
В начале IV в Патриарх Григорий I Просветитель основал первые епархии в провинциях и уездах (гаварах) Армении в виде епископатов, духовных инспекций, пастырств и пресвитерств и поставил во главе их руководителей, которые назывались соответственно: епископ, духовный инспектор, пастырь. Понятие «епархия» в его современном понимании возникло в VII в., оно происходит от названия административных единиц на территории восточной части Византийской империи, во главе которых стояли эпархи. Епархии возглавляли архиепископы или епископы, назначаемые указом Армянского Католикоса, которые на местах руководили духовной и культурной жизнью, процессом образования и просвещения, и даже решали вопросы общественного и политико-правового характера.
В Х веке подчиненные Армянскому Католикосату епархии уже действовали и за пределами Армении.
Еще со второй половины в VI в. имеется упоминание о епархии Армянской церкви за рубежом: князь Смбат Багратуни, которого персидский царь Хосров II назначил марзпаном (наместником) Гиркании, встретил там множество христиан, в том числе и армян, и обратился к католикосу Мовсесу II Егивардеци (574–604 гг.) с просьбой рукоположить их иерея Авеля во епископа.
Католикос Хачик I (973–992 гг.), возглавлявший церковь в эпоху основанного династией Багратуни Анийского царства, утвердил армянские епархии в Антиохии, Тарсе (Тарсоне) и Траянополисе. Епархия называлась по имени того края или населенного пункта, где находилась кафедра епархиального предстоятеля.
В эпоху позднего средневековья в силу исторических и политических обстоятельств некоторые епархии ликвидировались, а на их месте возникали новые – благодаря слиянию с другими епархиями либо отделению от них. Нередко крупные епархии дробились на более мелкие, которые постепенно приобретали новое пространство и влияние и превращались в самостоятельные церковно-административные единицы. Вследствие данного процесса в Армянской Церкви возникли новые типы епархий и структурные звенья – епархиальные, архиерейские и монастырские управления, епископские и инспекторские уделы, делегации (экзархаты) и предводительства, наместничества, приходские и монастырские инспекции, пастырства и т.д.
Епархиальными предстоятелями (главами) в ААЦ могут быть не только епископы, но и протоархимандриты и архимандриты – по распоряжению Католикоса Всех Армян. В разные периоды менялось количество епархий Армянской Церкви, соответственно менялось и их название, и число епархиальных центров. В вопросах управления епархии обладали независимым или полузависимым статусом.
Сейчас Армянская Апостольская Святая Церковь имеет епархии не только на территории Республики Армения, но и во многих армянских общинах Диаспоры.