Была основана в 1990-х годах с благословения блаженной памяти Католикоса Всех Армян Вазгена I и по инициативе патриаршего наместника Араратской Патриаршей епархии Его Высокопреосвященства архиепископа Гарегина Нерсисяна (с 1999 г. – Католикос Всех Армян Гарегин II). Духовная семинария была названа Вазгенянской в честь Католикоса Всех Армян Вазгена I.
В 1996 г. семинария дала первых выпускников. В 1996–2022 гг. усилиями Его Святейшества Католикоса Всех Армян Гарегина II и при меценатстве г-на Гарника и г-жи Анаит Якубянов были построены новый корпус студенческого общежития и часовня Св. Иакова Нисибинского.
Начиная с 2003–2004 гг. учебного года обучение в Вазгенянской духовной семинарии является четырехлетним, после чего студенты в течение двух лет продолжают получать образование в магистратуре Геворкянской духовной академии.
Адрес: Севанский полуостров.
Тел. +374-10-517-324
Страница Facebook: Սևանի Վազգենյան հոգևոր դպրանոց Theological Academy of Vazgenyan