Սևանա կղզին (այժմ` թերակղզի) դեռևս անհիշելի ժամանակներից սրբատեղի է եղել: Ըստ ավանդության՝ Ս․ Գրիգոր Լուսավորիչը 305 թ․ հեթանոսական մեհյանի տեղում կառուցել է Ս․ Հարություն եկեղեցին, որն այժմ ավերված է։
Սևանավանքի կամ Սևանի անապատի վերազարթոնքը կապված է Մաշտոց վրդ․ Եղիվարդեցու (հետագայում՝ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս) գործունեության հետ։ Նա 874 թ․ Իշխանաց իշխան Աշոտ Բագրատունու դստեր, Սյունիքի Վասակ Գաբուռ իշխանի կնոջ՝ Մարիամի միջոցներով կառուցել է Ս․ Առաքելոց և Ս․ Կարապետ եկեղեցիները։ Իշխանուհի Մարիամն ուխտել էր իր վաղամեռիկ ամուսնու հիշատակին 30 եկեղեցի կառուցել Հայոց աշխարհում։ Նրա ջանքերով Ս․ Առաքելոց եկեղեցու հարավ-արևելքում կառուցվել է Ս․ Աստվածածին եկեղեցին, որն ավերվել է 1930-ական թթ․։ Ուստի պատահական չէ, որ Սևանավանքը, ի պատիվ Մարիամ իշխանուհու, հաճախ կոչվել է նաև «Մարիամաշեն»։
Եկեղեցիների կառուցումից հետո Սևանավանք ուխտի է գնացել նաև Աշոտ Բագրատունին՝ վանքին նվիրելով Տիրոջ խաչափայտի մասունքը, որը ժողովրդի մեջ տարածված է «Սևանի Սուրբ Նշան» անվամբ: Ըստ ավանդության՝ այն պատրաստված էր այն կոնքից, որի մեջ Տիրամայրը լողացրել էր մանուկ Հիսուսին: Վանքում են պահպանվել նաև այլ սրբություններ՝ Ս. Հովհաննես Մկրտչի, Ս․ Պետրոս առաքյալի և Ս․ Գևորգ զորավարի մասունքները, ինչպես նաև Տիրամոր հրաշագործ սրբատկերը, որի առաջ աղոթելով՝ բժշկվել է Մխիթար Սեբաստացին՝ Վենետիկի Մխիթարյան միաբանության հիմնադիրը։ Ս․ Առաքելոց եկեղեցու հյուսիսային պատի մոտ կանգնեցված է 1653 թ․ Տրդատ կազմողի ձեռքով քանդակած նշանավոր խաչքարը։
Սևանավանքում են ապրել և գործել Սարգիս Ա Սևանցի և Հովհաննես Դրասխանակերտցի Հայրապետները, Ստեփանոս կրոնավորը, Սարգիս իմաստասերը, Աբրահամ Սևանցին և ուրիշներ։ Սևանավանքի զորության և համբավի մասին է վկայում այն փաստը, որ երեք անգամ վանք այցելությունը հավասարազոր է նկատվել մեկ անգամ Երուսաղեմ գնալուն։ Վանքն ավերվել և թալանվել է մոնղոլական և լենկթեմուրյան արշավանքների ժամանակ։
Սևանավանքի հոգևոր կյանքը վերազարթոնք է ապրել, երբ 1451 թ․ Դանիել վարդապետը բացել է Սևանի վարդապետարանը։ Այն գործում էր Ս․ Բարսեղ Կեսարացու և Սարգիս Սաղմոսավանեցու համակեցության կանոններով և շարունակում Տաթևի համալսարանի լավագույն ավանդները։ Միաբաններն ուսումնասիրում էին փիլիսոփայություն, քերականություն, տոմարագիտություն, զբաղվում Ս․ Գրքի սերտողությամբ և ընդօրինակությամբ։
1610 թ. Սևանի մենաստանի առաջնորդ է դարձել Կարապետ եպիսկոպոս Էջմիածնեցին, որը Մայրավանքի միաբանության օրինակով վերակազմել է Սևանի միաբանությունը:
1654 թ. թիֆլիսաբնակ եղբայրներ Սուլխան, Զալ և Զորապ Չիթաղյանների օժանդակությամբ նորոգվել են կղզու եկեղեցիները:
1825 թ․ Զաքարիա Գուլասպյան Տփխիսեցին Սևանավանքի առաջնորդ Սարգիս վարդապետի պատվերով առաջին անգամ գրել է վանքի պատմությունը, իսկ 1828 թ․ Էջմիածնի Սինոդի անդամ Մանվել Կյումուշխանեցին ավարտել է Սևանավանքի միաբանության պատմությունը։
1869 թ․ Գևորգ Դ Կոստանդնուպոլսեցի Կաթողիկոսի նախաձեռնությամբ կղզում դպրոց է բացվել՝ հոգալու Սևանավանքի սարկավագների և դպիրների կարիքները, որը գործել է մինչև 1880 թ․։ 1895 թ․ Սևանավանքի վերջին վանահայրը Սարգիս Փիլոյան դպիրն էր, որը նույնպես շարադրել է վանքի պատմությունը։
Մինչև 1830 թ․ Սևանավանքն առանձին միավոր էր, որից հետո մտել է Երևանի կոնսիստորիայի իրավասության ներքո։
1901 թ․ Մկրտիչ Ա Խրիմյան Կաթողիկոսի կոնդակով Սևանավանքը վերածվել է աղոթատեղիի։ Ս․ Առաքելոցը, Ս․ Կարապետը և Ս․ Աստվածածինը որպես գործող եկեղեցիներ գոյատևել են մինչև 1930-ական թթ․, իսկ այնուհետև փակվել։
Հայաստանի առաջին Հանրապետության տարիներին (1918-1920 թթ.) կղզին աքսորավայր էր հեղափոխականների համար։ Խորհրդային իշխանության առաջին տարիներին վանքի ունեցվածքը բռնագրավվել է: 1926 թ. ՀԿԲԿ Կենտկոմի բյուրոյի որոշմամբ, Սևանա կղզին որպես հանգստավայր տրամադրվել է Ներքին գործերի ժողկոմատին: Հենց աստվածամերժության այդ շրջանում էլ քանդվել է Ս. Աստվածածին եկեղեցին: Հետագայում վանքը վերածվել է թանգարանի:
Վանքը նոր զարթոնք է ապրել ՀՀ անկախության տարիներին։ 1990 թ․ Սևանավանքը վերադարձվել է Հայոց Եկեղեցուն, նորոգվել են վանքի երկու՝ Ս․ Առաքելոց և Ս․ Կարապետ եկեղեցիները։
Այժմ Սևանավանքի վանահայրն Արժանապատիվ Տ. Մինաս ավագ քահանա Մարտիրոսյանն է:
Վանքի տարածքում Արարատյան Հայրապետական թեմի առաջնորդական փոխանորդ Գերաշնորհ Տ. Գարեգին եպիսկոպոս Ներսիսյանի (1999-ից.` Գարեգին Բ. Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս) նախաձեռնությամբ և Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Վազգեն Ա Կաթողիկոսի օրհնությամբ 1990 թ. Հիմնադրվել է Սևանի հոգևոր դպրանոցը։ Ի հիշատակ Վազգեն Ա Հայրապետի՝ 1994 թ․ այն անվանակոչվել է «Վազգենյան»։
Վազգենյան հոգևոր դպրանոցի տեսուչն է Հոգեշնորհ Տ․ Շահե ծայրագույն վարդապետ Անանյանը։