20-րդ դարասկզբին անվանի հայ գրող Ալեքսանդր Շիրվանզադեն իր մի գրությամբ հայտնում է Մատթեոս Բ Իզմիրլյան Ամենայն Հայոց կաթողիկոսին, որ ազգային մեծ բարերար Ալեքսանդր Մանթաշյանը փափագում է «Վեհափառ Հայրապետի համար կառուցանել իր ծախքով մի վայելուչ կացարան»:
Վեհարանի շենքը կառուցվել է 1910 թ. (հիմնարկեքը կատարվել է նույն թվականի հունիսի 6-ին)՝ ճարտարապետ Պողոս Զոհրաբյանի նախագծով և անվանի բարերար Ալեքսանդր Մանթաշյանի նվիրատվությամբ: 1910 թ. հունիսի 6-ին, ձեռամբ Մատթեոս Բ Ամենայն Հայոց կաթողիկոսի, կատարվում է Վեհարանի հիմնարկեքը: Ճարտարապետ Պողոս Զոհրաբյանը գծում է երկհարկանի, մեծ ու լուսավոր շենք: Ցավոք, ո՛չ Մատթեոս Բ կաթողիկոսին, ո՛չ էլ Ալեքսանդր Մանթաշյանին բախտ չի վիճակվում մուտք գործել նորակառույց Վեհարան։
Շինարարական հիմնական աշխատանքներն ավարտվում են 1914 թ.՝ Գևորգ Ե Ամենայն Հայոց կաթողիկոսի գահակալության ժամանակ:
Դժբախտաբար, Գևորգ Ե Հայրապետը նույնպես հնարավորություն չի ունենում ամբողջապես ավարտելու Վեհարանի շինությունը և այնտեղ հաստատվելու, քանի որ սկսվում է Առաջին աշխարհամարտը, ամիսներ անց` Հայոց ցեղասպանությունը։
Նորակառույց Վեհարանն այդ շրջանում ծառայում է որպես զինվորական հիվանդանոց, գաղթականների ու որբերի ապաստարան: Առաջին Հանրապետության տարիներին այն վերածվում է զորանոցի, որտեղ տեղակայվում է զինվորական հրամանատարությունը: Իսկ 1920 թ., երբ Հայաստանում հաստատվում են խորհրդային կարգերը, բռնագրավվում է նաև Վեհարանը:
1957 թ., ընդառաջ Վազգեն Ա Ամենայն Հայոց կաթողիկոսի դիմումին, ԽՍՀՄ մինիստրների խորհրդի նախագահ Ն. Ա. Բուլգանինի կարգադրությամբ Վեհարանը վերադարձվում է Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնին:
1958–1962 թթ., աջակցությամբ Մայր Աթոռի բարերարների, Վեհարանն արմատապես վերակառուցվում և նորոգվում է, սրահներն ու սենյակները կահավորվում են, զարդարվում գեղարվեստական ստեղծագործություններով: Պարսպապատվում ու բարեկարգվում է Վեհարանի շրջակա տարածքը:
1962 թ. սեպտեմբերի 30-ին, Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսը հանդիսապես մուտք է գործում Վեհարան, և այն դառնում է հայրապետանիստ:
Շենքի բացման առիթով Վազգեն Ա Հայրապետը երկրորդ հարկում հիմնում է փոքրիկ պատկերասրահ, ուր ներկայացվում էին հռչակավոր հայ նկարիչների` Հովհաննես Այվազովսկու, Մարտիրոս Սարյանի, Հակոբ Կոջոյանի, Վարդգես Սուրենյանցի, Եղիշե Թադևոսյանի, Գևորգ Բաշինջաղյանի, Գառզուի, Էդգար Շահինի, Զարեհ Մութաֆյանի, Ժանսեմի և այլոց կտավները, որոնք ժամանակին նվիրվել էին Հայ Եկեղեցուն:
Ամենից ուշագրավ ու հետաքրքիր գեղարվեստական գործերն են ոսկեկուռ մեծ խաչը, հայկական ոսկետառ ու ադամանդազարդ այբուբենը, որը զարդարում է օնիքսյա տախտակի հղկված հարթությունը: Խաչն ու այբուբենը պատրաստվել են Վազգեն Ա Հայրապետի պատվերով՝ ոսկերիչ Ժիրայր Չուլոյանի ձեռքով և ճարտարապետ Բաղդասար Արզումանյանի նախագծով:
1996 թ. Գարեգին Ա կաթողիկոսի նախաձեռնությամբ շենքի ճակատային մասը զարդարվել է կաթողիկոսական խորհրդանշանի խորաքանդակով և խորաքանդակային խաչերով։
Ն. Ս. Օ. Տ. Տ. Գարեգին Բ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի գահակալության հենց սկզբից ջանքեր են ներդրվում ձեռնամուխ լինելու հայոց Վեհարանի հիմնանորոգության և բարեկարգման աշխատանքների կատարմանը։ 2010-2019 թթ. տեր և տիկին՝ Սամվել և Էթերի Կարապետյանների՝ հայրենիքում կատարած բարեգործական ներդրումներից մեկն էլ լինում է Վեհարանի հիմնանորոգման և բարեզարդման մեծածավալ աշխատանքները, որի արդյունքում 2019 թ. սեպտեմբերի 18-ին վերաբացվում է Վեհարանը` Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսների նստավայրը։
Վեհարանի առաջին հարկում տեղակայված են Հայոց Հայրապետի ընդունարանը, թանգարանը, Գերագույն հոգևոր խորհրդի ժողովատեղին, Վեհարանի աշխատակազմի գրասենյակները։ Երկրորդ հարում է մեծ գահասրահը, ձեռագրատունը, կաթողիկոսական գրադարանը, փոքր գահասրահը, որտեղ Նորին Սրբության կարգադրությամբ զետեղվել է Վազգեն Ա Հայրապետի օրոք պատրաստված օնիքսե հայրապետական գահը` իր նշանակներով։
Վեհարանի երկրորդ հարկում զետեղված են երկու բարձրարվեստ խաչքարեր (Նորավանք, 1308 թ., գործ՝ Մոմիկ վարդպետի, Արցախ, 1640 թ.):
Վեհարանից դեպի արևմուտք, Կարապետյան ընտանիքի բարերարությամբ կառուցվել է հանդիսությունների սրահ: Լուսավետ դահլիճի լայնարձակ բեմահարթակի աջ և ձախ կողմերում փորագրված են ազգային-եկեղեցական պատմության առանցքային զույգ իրադարձության խորհրդապատկերները`Ս. Գրիգոր Լուսավորչի տեսիլքով Սուրբ Էջմիածնի կառուցումը և 1441 թ. Ամենայն Հայոց Հայրապետական Աթոռի՝ Սուրբ Էջմիածնում վերահաստատումը։
Վեհարանի վերանորոգության ու ընդլայնման աշխատանքներն ամբողջանում են պարտեզի և շրջակայքի ներդաշնակ բարեզարդմամբ: