Была основана в 1990 году с благословения блаженной памяти Католикоса Всех Армян Вазгена I и по инициативе Патриаршего наместника Араратской Патриаршей епархии Его Высокопреосвященства архиепископа Гарегина Нерсисяна (с 1999 г. — Католикос Всех Армян Гарегин II).
Учебное заведение было названо в честь Католикоса Всех Армян Вазгена I.
В 1996 году состоялся первый выпуск семинарии. В 1996–2022 гг. усилиями Его Святейшества Гарегина II, Верховного Патриарха и Католикоса Всех Армян, и при поддержке господина и госпожи Гарника и Анаит Якубянов были построены новый жилой корпус студенческого общежития и часовня Св. Иакова Нисибинского.
Начиная с 2003–2004 учебного года обучение в Духовной семинарии Вазгенян является четырёхлетним, после чего студенты продолжают двухлетнее магистерское образование в Духовной семинарии Геворгян.
Инспектор – Преподобный отец иеромонах Иусик Смбатян
Адрес: Севанский полуостров.
Тел. +374-10-517-324
Страница Facebook: Սևանի Վազգենյան հոգևոր դպրանոց Theological Academy of Vazgenyan