Սինոդի միահարկ շենքը` տեղակայված Մայր տաճարի հյուսիսարևմտյան կողմում, կառուցվել է 1896–1897 թթ.՝ Մկրտիչ Ա Խրիմյան Հայրապետի օրոք, որտեղ գործել են Հայրապետական դիվանը և Սինոդի գրասենյակը:
1920–1921 թթ. Հայաստանի խորհրդային իշխանությունների կողմից շենքը բռնագրավվել է, իսկ հետագա տարիներին կրկին վերադարձվել է Մայր Աթոռին։ Մինչև 2011 թ. ծառայել է որպես Մայր Աթոռի վարչական մասնաշենք:
2011 թ. որոշվեց վերափոխել շենքը: Այդ նպատակով եղած շենքը 19 մ ընդարձակվեց դեպի հյուսիս և համալրվեց նախորդ մասի շարունակությունը կազմող միջանցքի երկու կողմում տեղաբաշխված 8 գրասենյակով (նախագծի հեղինակ` Ա. Սահակյան):