Была построена в 1959 г. как школа-интернат. В 1970-е годы стала школой-интернатом для слабовидящих детей. В конце 1980-х гг. (по решению правительства РА) она стала школой-интернатом для детей с задержкой умственного и психического развития.
В 2004 г. образовательный центр был реорганизован в специальную школу, где обучались дети-сироты и дети из неполных и социально необеспеченных семей. Впоследствии, в результате государственной школьной реформы 2008–2009 гг., это заведение стало общеобразовательной школой №13 г. Вагаршапата․
Решением правительства РА от 20-го августа 2009 г. вагаршапатская общеобразовательная школа № 13 была ликвидирована и, перейдя под патронаж Армянской Церкви, реорганизована в «гимназию Эорнекян» Первопрестольного Св. Эчмиадзина, действующую как общеобразовательное учебное заведение.