Կառուցվել է 1959 թ.՝ որպես գիշերօթիկ դպրոց: 1970-ականներին դարձել է թույլ տեսնող երեխաների գիշերօթիկ դպրոց: 1980-ականների վերջերին (ՀՀ կառավարության որոշմամբ) այն դարձել է մտավոր և հոգեկան զարգացման հապաղում ունեցող երեխաների գիշերօթիկ դպրոց:
2004 թ. կրթօջախը վերակազմավորվել է հատուկ դպրոցի, որտեղ սովորել են որբ, միակողմանի ծնողազուրկ և սոցիալապես անապահով ընտանիքների երեխաները: Հանրապետության դպրոցների վերակազմավորման արդյունքում հաստատությունը 2008–2009 թթ. դարձել է Վաղարշապատի թիվ 13 հանրակրթական դպրոց:
2009 թ. ՀՀ կառավարության՝ օգոստոսի 20-ի որոշմամբ Վաղարշապատի թիվ 13 հանրակրթական դպրոցը լուծարվել է և անցնելով Հայ Եկեղեցու հովանու ներքո` վերակազմավորվել է որպես Մայր Աթոռ Ս. Էջմիածնի «Էօռնեկյան վարժարան»՝ գործելով իբրև հանրակրթական ուսումնական հաստատություն: